1996年3月，取得國家商標局頒發的“大元”商標使用證，公司正式更名為大元泵業有限公司。

2001年，占地60畝、設計規模年產100萬臺水泵的大元泵業新廠區建成投產。同年，在上海浦東建立并投產大元泵業全資子公司――上海新滬電機廠有限公司，作為大元泵業高端水泵研發基地和生產基地，專業研發制造GPD、GP系列單、三相管道屏蔽循環電泵，NP、HP中央空調用泵，化工屏蔽泵，船用泵等。使大元水泵產品系增加到9個大系。公司研發的屏蔽電泵已在首都機場、奧運場館等供暖設施中廣泛使用；溴化鋰泵、化工泵已在各重要化工領域得到廣泛應用。

2007年，合肥新滬屏蔽泵有限公司成立。大元在合肥市高新區投資興建142畝水泵生產基地，已建成5萬平方米標準廠房和生活配套設施。

2013年，2.4萬平米生產大樓建成并投入使用，3.8萬平米的三期工程2014年已經開始啟動，同時通過環境影響評價。

2015年，獲得臺州市政府質量獎，浙江制造。

2017年，大元泵業在上海證券交易所主板成功上市。（股票代碼：603757）

2019年，大元被國家工信部列入綠色工廠名錄，同時，大元的井用潛水電泵和污水污物潛水電泵兩個產品系列均被列入國家級能效之星產品名錄，新研發的永磁高轉速井泵，也通過了浙江省高新技術產品的驗收。

大元泵業入選為2021年國家專精特新“小巨人”。

大元年產700萬臺擴能項目——智能工廠動工，預計2024年投入生產。